ศูนย์พฤกษศาสตร์พื้นเมืองครอบคลุมพื้นที่ 4.66 เฮกเตอร์ ตั้งอยู่ในเขตจั่วหยิง (Zuoying) เป็นศูนย์รวมพันธุ์ไม้พื้นเมืองของไต้หวัน ภายในมีการประยุกต์ใช้นิเวศวิศวกรรมทั่วทั้งสวน เช่น การติดตั้งระบบรดน้ำแบบรีไซเคิล บริเวณทางเท้า การสร้างลำธาร น้ำพุ สะพานคดเคี้ยว และหาดทรายจำลองเข้าไป เพื่อเพิ่มเสน่ห์อันงดงามและสร้างเอกลักษณ์ให้กับสวน

นอกจากนี้ ศูนย์นี้ยังมีพื้นที่สำหรับปลูกป่าชายเลน พืชน้ำ พืชทางตอนใต้ ต้นไม้ชายฝั่ง แนวปะการัง รวมไปถึงมีศูนย์การเรียนรู้และศูนย์ศึกษาวิวัฒนาการของพืช ที่นักท่องเที่ยวสามารถเรียนรู้เพิ่มเติมเกี่ยวกับระบบนิเวศทางธรรมชาติของไต้หวันได้